O ano de 1969 foi marcado pelo endurecimento da ditadura. Com a publicação do Ato Institucional de Número 5, o regime aumentou a censura e a repressão no país. Artistas, críticos e intelectuais brasileiros e de vários países recusaram-se a participar e realizaram protestos contra o regime, e algumas representações tiveram suas mostras esvaziadas. Em conseqüência disso, a 10ª Bienal ficou marcada como a "Bienal do Boicote".

Ao contrário do que se esperaria de um evento voltado para a arte de vanguarda, a Bienal de São Paulo não se tornou um pólo de resistência à ditadura militar. Financiada, em grande medida, por recursos do governo federal, a Bienal foi tolerante com o regime de exceção, o que lhe custou a antipatia de críticos e artistas de várias partes do mundo. Como publicado no livro Bienal 50 Anos, organizado por Agnaldo Farias, "80 % dos artistas convidados não compareceram, a exemplo de Carlos Vergara, Rebens Gerchman, Burle Marx, Sérgio Camargo e Hélio Oiticica. No exterior, expositores dos Estados Unidos, México, Holanda, Suécia, Argentina e França juntaram-se ao protesto".

Com a ausência de mostras de peso, a Bienal expôs o que foi possível trazer ao Brasil. A Grã-Bretanha trouxe oito esculturas de Anthony Caro, um mestre da abstração que foi assistente de Henry Moore. O país que apresentou a exposição mais consistente, na opinião dos críticos, foi a Alemanha. Entre as 80 obras da representação germânica, destacaram-se as pinturas de Horst Antes e os quadros da série "Homenagem ao Quadrado", de Josef Albers, um precursor da op-art.

Na "Bienal do Boicote", os destaques brasileiros foram as salas em homenagem a Ismael Nery e Oswald Goeldi; e a instalação de Mira Schendel "Ondas Paradas de Probabilidades", que formava um ambiente a ser atravessado pelos visitantes.