Antes de chegar a uma das importantes cadeiras da Disney, Favreau fez seu primeiro contato com produtores da Marvel em 2003 (seis anos antes de os dois estúdios se unirem), quando interpretou Franklin "Foggy" Nelson em Demolidor - o Homem sem Medo. Um papel sem muito destaque, mas que colocou seu nome para circular.
Anos depois, em 2006, a Marvel procurava um diretor para o primeiro filme do Homem de Ferro. O produtor Avi Arad, que tinha trabalhado com Favreau em Demolidor, foi quem cantou a bola sobre ele assumir o projeto.
Favreau era considerado um diretor promissor: esteve por trás de Um Duende em Nova York (2003), um filme de ação com comédia, e Zathura: Uma Aventura Espacial (2005), que passeava entre ação, fantasia e humor.
Essa experiência foi o combustível para que o produtor e presidente da Marvel Studios, Kevin Feige, o escolhesse para comandar o primeiro filme do Homem de Ferro, um herói playboy, irônico e que derrotava seus inimigos graças a uma armadura tecnológica.
A Marvel queria um diretor que soubesse focar na história. Ser um nome conhecido em Hollywood não era um pré-requisito naquele momento. Tanto que o próprio Jon Favreau define o desenvolvimento de Homem de Ferro como o de um filme independente.
Ninguém acreditava em nós. O que era sucesso na época era o Batman [de Christopher Nolan]. Estávamos na sombra disso tudo, o que foi bom para nós. E demos sorte que Robert Downey Jr. não era tão caro na época.
Favreau ainda foi o responsável por bater o pé e escolher Robert Downey Jr. para viver o protagonista da abertura do MCU. Os executivos da Marvel não tinham tanta certeza se o então problemático ator conseguiria incorporar o Tony Stark que o público precisava. A confiança no cineasta levou à escalação do astro, que se transformou em um dos símbolos da Marvel Studios.
Kevin Feige disse que o formato burocrático que eles costumavam trabalhar também foi quebrado com Favreau, que preferia conversar a ter que ler centenas de papéis e trocas de e-mails. O presidente da Marvel Studios ainda revelou em 2017 que o cineasta, muitas vezes, não recebeu os créditos necessários pelo que fez para fazer do MCU uma força poderosa.
Homem de Ferro arrecadou US$ 585 milhões, quatro vezes mais do que custou para os cofres da Marvel, e ditou o ritmo de praticamente todos os filmes do estúdio, juntando ótimas cenas cômicas a efeitos visuais certeiros e momentos de ação impressionantes.
