Com o caminho aberto, "X-Men 2" ganhou mais controle criativo por parte de Bryan Singer e um orçamento mais robusto: US$ 110 milhões, transformados em US$ 400 milhões quando o filme chegou aos cinemas em 2003.
As filmagens de "X-Men 2", transferidas para Vancouver, na outra costa do Canadá, mostravam um clima diferente, mais festivo, com o elenco mais entrosado e trajes mais confortáveis - "Agora posso ir ao banheiro", confessou Jackman.
"X-Men 2" foi mais a fundo nas metáforas com o mundo real, representadas com a liberdade da ficção científica. Singer, que sentiu na pele o peso de se sentir diferente por anos por ser gay, colocou uma lupa na correlação entre orientação sexual e mutação genética. Em uma cena particularmente brilhante, o jovem Homem de Gelo (Shawn Ashmore) "sai do armário" para os pais e revela ser um mutante - ao que sua mãe, aterrorizada, retruca: "Será que você pode não ser um mutante?"
O filme abriu espaço para a adaptação da "Saga da Fênix", série mais famosa dos gibis dos heróis, mas o terceiro filme não correu como esperado. Apesar de estar disposto a comandar mais uma aventura, Bryan Singer foi seduzido pela possibilidade de ressuscitar o Homem de Aço com "Superman - O Retorno" e pediu para a Fox segurar a produção dos heróis mutantes por um ano. Os executivos recusaram, e Brett Ratner, cogitado anos antes para dirigir o primeiro "X-Men", assumiu o leme em "O Confronto Final".
Mas o filme se tornou questão de honra para Tom Rothman, então presidente da Fox, que mostrou disposição incomum para atropelar o "Superman" do ex-colaborador. A terceira aventura dos mutantes, apesar do orçamento gordo de US$ 210 milhões, sofreu com o tempo espremido de sua produção. Ratner merece crédito por não mudar o que já estava estabelecido pro Singer, inclusive direção de arte e figurinos, além da escalação de Kelsey Gramer como o Fera.
Além disso, a estrela de Jackman e de Halle Berry (que tinha o papel da heroína Tempestade) havia crescido para além do filme, e os dois tiveram seus papéis anabolizados, além de estampar seu nome com destaque no pôster. Contratos e disputas nos bastidores prejudicaram o roteiro, que logo se livrou do Ciclope (James Marsden, que foi trabalhar com Singer em "Superman") e misturou duas linhas narrativas distintas, não resolvendo bem nenhuma delas.
Não fez diferença. "X-Men: O Confronto Final" terminou sua carreira com US$ 450 milhões em caixa, US$ 60 milhões à frente de "Superman - O Retorno". A briga revelou o estado das coisas seis anos depois do lançamento discreto de "X-Men": o cinema pop agora pertencia aos super-heróis das histórias em quadrinhos.